จากการขุดแต่งโบราณสถานแห่งนี้ ได้ทราบว่า ตัวเรือนโบราณสถานสร้างด้วย ศิลาแลงวางเรียงซ้อนกันเป็นชั้นๆ เป็นรูปสี่เหลี่ยมจตุรัส การบรรจุสถูปจะบรรจุอยู่ตรงกลางโบราณสถาน ลึกลงไปจากระดับผิวดินเดิมประมาณ 0.50 เมตร ใช้ศิลาแลงสร้างครอบทับไว้อีกชั้นหนึ่ง และมีโบราณวัตถุอันเป็นมงคล เช่น พระพิมพ์ดินเผาปางต่างๆ ดอกไม้เงิน ดอกไม้ทอง หินรัตนชาติ เป็นต้น วางเรียงรายอยู่โดยรอบ การบรรจุสถูปไว้ใต้พื้นดินอย่างนี้คงจะเป็นประเพณีนิยมเรื่องการบรรจุพระธาตุไว้ใต้ดินแล้วสร้างสถูปครอบทับ เช่นเดียวกันกับเจดีย์ ทวารวดีองค์หนึ่งในเมืองคูบัว จังหวัดราชบุรี และที่พระปรางค์วัดมหาธาตุ จังหวัดพระนครศรีอยุธยา ซึ่งมีลักษณะการบรรจุไว้ใต้ดินแบบเดียวกัน บางแห่งพบสถูปบรรจุพระธาตุอยู่ลึกไปถึง 6 เมตร เช่น เจดีย์วัดเพลง หรือวัดโพธิ์เขียว จังหวัดราชบุรี เป็นต้น ส่วนตำนานการบรรจุพระธาตุไว้ใต้ดินนี้ ในหนังสือปฐมสมโพธิ เล่าว่า เมื่อถวายพระเพลิงพระพุทธสรีระเสร็จแล้ว พระเจ้าอชาตศัตรูได้ทรงรับพระบรมสารีริกธาตุส่วนหนึ่งมาสร้างสถูปประดิษฐานไว้ในกรุงราชคฤห์ การสร้างสถูปนั้นได้ขุดลึกลงไปในดินทำเรือนคือที่ประดิษฐานนำโกศหรือผอบ พระบรมธาตุบรรจุไว้แล้วถมทรายถมดินทับจนเสมอผิวดิน จึงสร้างสถูปศิลาทับไว้ เบื้องต้นแม้ในหนังสือตำนานมูลศาสนาก็เล่าว่า เมื่อก่อน พ.ศ.1912 พระสุมนเถระขุดได้พระบรมธาตุบรรจุอยู่ในโกศแก้วในพื้นดิน แขวงเมืองบางขัง ริมฝั่งแม่น้ำฝากระดาน จังหวัดสุโขทัย ต่อมาได้นำพระธาตุจำนวนนี้ไปบรรจุไว้ในเจดีย์วัดสวนดอกเชียงใหม่ส่วนหนึ่ง อีกส่วนหนึ่งบรรจุไว้ที่ พระธาตุดอนสุเทพ
อาจารย์มานิต วัลลิโภดม ผู้เชี่ยวชาญทางโบราณคดี กรมศิลปากร ได้วินิจฉัยสถูปสำริดที่ขุดพบนี้ว่า มีลักษณะคล้ายกับที่ขุดพบ ณ ตำบลพงตึก อำเภอท่ามะกา จังหวัดกาญจนบุรี โบราณสถานแห่งนั้นก็ก่อด้วยศิลาแลงและพบแผ่นทองคำบางๆ ทำเป็นกลีบ ดอกจันทร์คล้ายคลึงกันด้วย